意识的本质之所以仍然令人费解，主要原因包括以下几个方面：
1. 主观体验的难以量化
意识涉及主观体验，即“第一人称”的感受。这种主观性使得意识难以通过客观的科学方法进行测量和分析。虽然我们可以观察到大脑的活动，但无法直接测量个体的内在体验，从而使得意识的实质难以被完全理解和解释。
2. 定义的不明确性
尽管“意识”一词在日常语言中广泛使用，但在科学和哲学领域中，其确切含义却存在诸多争议。不同学科和不同学者对意识的定义和范围有不同的理解，导致在研究和讨论中缺乏统一的基础，这增加了对其本质的理解难度。
3. 多学科交叉的复杂性
意识的研究涉及哲学、神经科学、心理学、认知科学等多个学科。每个学科都有其独特的方法和视角，但这些方法和视角往往难以完全整合。例如，哲学关注意识的本体论和认识论问题，而神经科学则试图通过大脑结构和功能来解释意识现象。这种多学科的交叉使得对意识的全面理解变得更加复杂。
4. 缺乏统一的理论框架
目前尚无一种被广泛接受的理论能够全面解释意识的所有方面。现有的理论，如全局工作空间理论、整合信息理论、量子意识理论等，各有其优势和局限，但都未能完全解决意识的谜题。这种缺乏统一框架的现状使得意识的本质依然扑朔迷离。
5. 大脑与意识的关系复杂
尽管科学家已经在研究大脑活动与意识之间的关联上取得了一定进展，但两者之间的具体关系仍不清晰。如何从神经元的电生理活动和大脑网络的动态交互中生成主观意识体验，仍是一个未解的难题。这种从物质到意识的“解释鸿沟”是理解意识本质的主要障碍之一。
6. 量子力学与意识的潜在关联
一些理论提出，量子力学可能在意识的形成中扮演重要角色。然而，这些理论尚未得到广泛的科学验证，且在解释中存在诸多争议。量子力学与宏观世界的关联复杂，也为理解意识增加了更多的不确定性。