1·隶属部门不同：
教育部直属高校隶属于中华人民共和国教育部，由教育部直接管理。
省属高校则隶属于当地省教育厅，由省教育厅直接管理。
通常情况下，教育部直属高校会有更多的行政资源和平台，比如教育部的本科生质量工程、优势学科评选等等，甚至国家留学基金委公派留学都是部属院校有先天优势。
2·财政来源不同：
教育部直属大学由教育部财政供给，是由国家财政出资建设。
省属高校主要由地方财政供给，由地方行政部门划拨经费进行相关院校建设。
一般来说部属高校比省属高校拨款相对于高些，比如排在前3位的清华大学2021年拨款达到了317亿，浙江大学228亿，北京大学221亿……
但也不是所有的部属大学都比省属高校多，比如有钱的广东省，深圳大学每年拨款达60亿，还有南方科技大学拨款达到41亿，这几个高校比教育部直属高校中央戏剧学院3.9亿多了几十个亿。
高校的发展取决于国家政策的支持，还有经费的支持。办学经费越多的高校，发展速度越快，在全国的影响力会越来越大。比如南方科技大学，上海科技大学发展迅猛，短短的几年一跃成为“”双一流”建设高校。
因此，高校经费越多，对学校的发展越有利。
3·行政级别不同
教育部直属高校：教育部直属的高校级别要高，教育部直属高校的校长是副部级。
省属大学：省属大学由省级教育厅直接管理。省属高校校长是正厅级，比前者低半级。
教育部属的校级干部任免权限在教育部，且干部可以全国各地教育部部属院校间跨区域跨省调整，有利于干部视野的开阔。而省属高校基本是本省组织部任免。
4·院校实力和知名度不同
教育部直属的高校都是全国重点大学，国际知名度高，在国内外享有较高的声誉，师资力量好，办学能力强，实力强大。比如强基计划的36所大学大部分都是教育部直属大学。部属高校，它们在提高教学、科研和社会服务上发挥着示范和引导作用，代表着高等教育的尖端部分。
省属高校除了少部分211大学和“”双一流”外，其余大部分是普通本科院校。是不是所有的省属大学没有部属大学好？这个不是绝对的，比如发达地区的一些省属院校也不错，比如上海的上海大学，广东的南方科技大学、深圳大学、江苏的苏州大学。这些大学实力比较强，其自身也有较为顶尖的学科。
5·院校建设目标不同：
教育部属高校建设的主要目的，是在教育探索、改革等方面先行，在提高教学、科研和社会服务等方面发挥示范作用。
省属高校的目的是培养地域特色人才，为城市建设做贡献。作为我国高等教育体系的主体部分，以服务区域经济社会发展为目标，着力为地方培养高素质人才。
6·生源质量不同：
教育部直属高校一般是985和211双一流，除农林矿院校外，全国各地平均录取本科生源质量是高于省属高校的。
教育部属院校有行业顶尖学科，而省属高校大部分没有国内顶尖专业，省属高校的专业，在国内太多都有比它强的行业院校在前面挡路。
所以大部分省属高校本科生录取线会低于教育部直属院校。当然也有例外，比如省属深圳大学就比一些部属985和211高考录取分数还高些，但这样的学校毕竟是少数。
在高等教育体制内，部属高校的名号会得到更多人的认可。另外一点教育部直属院校就业有一定的优势，虽然找工作还是要看个人能力，但有的用人单位还是会指明要985或211院校的毕业生。比如很多学校招老师，明确要求教育部直属的六所985和211师范大学的毕业生！所以高考规划志愿的时候，广大考生在选择学校时，如果分数足够，部属院校一定是首选，因为无论从知名度上和政策支持上大多数都要远远高于省属院校。新高考省份，以专业组为单位填志愿的学生可以优先选择双一流部属高校的专业。